A identificação do perfil HLA serve como marcador diagnóstico de algumas doenças como, por exemplo, a Espondilite Anquilosante (EA) que apresenta um grande número de indivíduos positivos para o Locus B* 27. A obtenção de um resultado positivo não indica a confirmação da doença sendo este marcador utilizado apenas como recurso diagnóstico naqueles pacientes com achados clínicos e radiológicos sugestivos da doença. A EA é um tipo de inflamação dos tecidos conectivos, que por vezes é responsável por uma inflamação das articulações da coluna e grandes articulações, como os quadris, ombros e outras regiões. A doença não possui cura, mas com tratamento precoce, pode ser controlada. Em estágios mais avancados, a EA pode atingir todos os segmentos vertebrais, causando limitação dos movimentos e invalidez. Ocorre lesão das articulações sinoviais e dos ligamentos adjacentes às vértebras, especialmente nos pontos de inserção. As vantagens da PCR sobre a citometria de fluxo incluem interpretação objetiva e maior especificidade (a citometria de fluxo pode apresentar reação cruzada com o HLA-B7, HLA-B37 e HLA-B39).