O diagnóstico de certeza da neuro-histoplasmose é muito difícil, devido à baixa sensibilidade e especificidade das reações imunológicas no LCR. Isto se deve: (a) às características imunopatogênicas da doença, com baixa produção de anticorpos específicos (a reação inflamatória é predominantemente de tipo celular); (b) à dificuldade técnica de padronizar reações de ELISA ou de hemaglutinação do LCR (a especificidade é muito baixa no LCR). O teste mais utilizado é a reação de fixação de complemento para histoplasmose. Apresenta algumas características importantes: (a) quando reagente, é muito provável que se trate de histoplasmose do SN ou, ao menos, de uma das neuromicoses; (b) quando não reagente, não é possível afastar o diagnóstico; (c) freqüentemente, após instituir tratamento empírico, as reações imunológicas previamente negativas tornam-se reagentes (provavelmente devido à liberação de antígeno fúngico devida ao efeito da medicação).