A caracterização molecular do genoma HBV permite a identificação dos principais genótipos circulantes em determinadas regiões além das mutações associadas à resistência a medicamentos antivirais. É sabido que alguns genótipos estão associadas às formas mais graves da infecção pelo HBV e outros por formas mais brandas. Estes dados são essenciais na interpretação do quadro clínico do paciente e consequente seguimento do tratamento. Este método identifica os 6 subtipos denominados de A a F, para determinação dos mutantes pré-core/core. Realiza-se a amplificação por PCR de dois segmentos virais e sequenciamento das regiões. O teste detecta também mutações no gene da DNA polimerase do HBV que levam à resistência aos antivirais, permitindo o reaparecimento do DNA do virus no soro, principalmente em indivíduos submetidos a uma terapia prolongada.